Ses idées républicaines et socialistes lui font refuser la Légion d'Honneur proposée par Napoléon III.
Après la proclamation de la République le 4 septembre 1870, il est nommé président de la commission des musées et délégué aux Beaux-Arts. Il propose, au Gouvernement de la Défense nationale le déplacement de la Colonne Vendôme, qui évoque les guerres napoléoniennes, aux Invalides. Soutenant l'action de la Commune de Paris, il est élu au Conseil de la Commune par le VIe arrondissement. Aux élections complémentaires du 16 avril 1871, il siège à la commission de l'Enseignement et vote contre la création du Comité de Salut public, il signe le manifeste de la minorité. La Commune décide le 13 avril d'abattre et non de déboulonner la Colonne Vendôme. Courbet propose alors, puisqu'il a eu en premier l'idée d'enlever cette colonne, de payer les frais de sa réparation. Après la Semaine sanglante il est arrêté le 7 juin 1871, et le 3e conseil de guerre le condamne à six mois de prison et 500 francs d'amende.

Mais en mai 1873, le nouveau président de la République, le maréchal de Mac-Mahon, décide de faire reconstruire la Colonne Vendôme aux frais de Courbet (soit plus de 323 000 francs selon le devis établi). Lui qui fut riche (une toile importante de lui se vendait quinze mille francs, soit dix ans du salaire d'un ouvrier), le voilà acculé à la ruine après la chute de la Commune, ses biens mis sous séquestre, ses toiles confisquées. Il s'exile en Suisse, à La Tour-de-Peilz, près de Vevey. Courbet obtient de payer près de 10.000 francs par an pendant 33 ans! Il meurt avant d'avoir eu à verser la première annuité.

Le peintre à succès mérite alors la Légion d'honneur, que le socialiste olympien n'hésite pas à refuser. La guerre de 1870, les événements de la Commune vont bouleverser le cours de la vie de Courbet. Président de la commission nommée par les artistes pour veiller à la conservation des musées et richesses d'art, il joue le rôle d'un directeur des beaux-arts. Il se signale avec la pétition du 14 septembre 1870 demandant le déboulonnage de la colonne Vendôme, "monument dénué de toute valeur artistique, tendant à perpétuer par son expression les idées de guerre et de conquêtes que réprouve le sentiment d'une nation républicaine"; il est présent lorsqu'on abat la Colonne le 16 mai 1871. Après l'effondrement de la Commune, Courbet le "révolutionnaire" est arrêter et traduit en conseil de guerre. Condamné à six mois de prison, il purge sa peine à Sainte-Pélagie. Là, le peintre donne certains de ses tableaux les plus savoureux de texture, en particulier une série de natures mortes aux fruits, ou peint de mémoire marines et paysages avec un dépouillement et un amour qui émeuvent.

La suite des sa vie est marquée par le souci de ses dettes; on le refuse au salon de mai 1873; lorsque l'Assemblée adopte le projet de reconstruction de la colonne Vendôme et que Courbet est rendu solidaire des frais, il doit s'exiler en Suisse. La vente judiciaire de 1877 l'accable, et il meurt le 31 décembre. "Ne le plaignons pas , il à traversé les grands courants , il a entendu battre comme des coups de canon le coeur d'un peuple et il a fini en pleine nature, au milieu des arbres", dira en guise d'oraison funèbre cet autre réfractaire que fut Jules Vallès.